En la Unidad Tamaulipas, las líneas de investigación han venido evolucionando a medida que la planta de investigadores se ha incrementado. El Centro arranca actividades en el año 2006, con la línea de investigación en Tecnologías de Información, en la que participaron todos los investigadores adscritos en esa fecha. Durante el año 2011, la planta de investigadores aumenta, lo que permite diversificar las líneas de investigación quedando las dos siguientes: Tecnologías de Información e Ingeniería Computacional.
A partir del año 2015, con el arranque del nuevo programa de posgrado en Ciencias en Ingeniería y Tecnologías Computacionales, y contando con la participación de un mayor número de investigadores adscritos a la Unidad Tamaulipas y algunos investigadores colaboradores adscritos al Departamento de Computación, se realiza una actualización en las líneas de investigación quedando definidas las siguientes tres:
